在很长一段时间里，人们对乳糖操纵子阻遏蛋白究竟是通过阻止RNA聚合酶与启动子的结合来抑制乳糖操纵子的结构

是用足印法(Footprinting)进行确定：如果阻遏蛋白是通过阻止RNA聚合酶与启动子的结合来抑制乳糖操纵子的结构基因转录的，则高浓度的阻遏蛋白的存在将会竞争性抑制RNA聚合酶与启动子的结合；如果阻遏蛋白允许基因转录的起始但通过与操作子结合抑制转录的延伸，则不会出现上述现象。也可以通过相关的基因在体外转录进行确定：观察在无阻遏蛋白的情况下，被转录的区域是否包括操作子序列。