“亿家”连锁商店在甲市莲花路东段和西段新开两分店，店名为“亿家”莲花路一分店、“亿家”莲花路二分店，法定代表人均为张某。2017年2月17日，总店工作人员李某向甲市A区烟草专卖局同时申请办理“亿家”莲花路一分店和“亿家”莲花路二分店的烟草专卖零售许可证。A区烟草专卖局证件管理员小吴审查材料后，发现申请人为李某，当场书面告知其申请人应为分店的法定代表人张某，李某当场进行了更正。小吴还发现二分店经营地址属于甲市B区，对二分店的申请作出不受理决定，并告知李某应向甲市B区烟草专卖局申请。2月22日，小吴电话告知李某还应补交委托书。2月23日，李某按要求补正了全部材料。2月24日，A区烟草专卖局指派市场管理员小钟到一分店进行实地核查。小钟到现场后，发现仅有该店店员林某（未经张某委托）在场，小钟向其出示证件表明身份后，认真进行了实地核查，详实地记录核查情况，绘制现场图，并要求林某签名确认。经审查，A区烟草专卖局认为“亿家”莲花路一分店符合办证条件，于4月21日作出了准予行政许可的决定。A区烟草专卖局在上述许可证的办理过程中有哪些不当之处？并给出正确做法。