某工厂有甲、乙两个厂区，当初两个厂区的土地均由划拨方式取得。其中甲厂区在于选项20世纪90年代已经补交了土地使用权出让金，办理了土地使用权出让手续。现在甲厂区为危险房，乙厂区为严重损坏房，房地产行政主管部门已通知工厂停止使用。该工厂为了生存和发展，决定转让甲厂区、抵押乙厂区房地产，用筹得的资金在乙厂区经有关部门批准后重新建造厂房。现请某估价机构同时对两厂区进行估价。针对以上情况，在估价时最恰当的做法是()。